Πάνω από 300 είδη πουλιών έχουν καταγραφεί στη λίμνη και τα γύρω βουνά. Εδώ κατοικεί ο αργυροπελεκάνος και η λαγγόνα που είναι παγκόσμια απειλούμενα με εξαφάνιση. Αποικίες από κορμοράνους, χαλκόκοτες, χουλιαρομύτες, ερωδιούς, νανόχηνες, μαυρογλάρονα και φοινικόφτερα ζουν στη λίμνη. Υπάρχουν όμως και σπάνια αρπακτικά στην περιοχή. Ο βασιλαετός, ο πετρίτης, ο στικταετός και ο χρυσαετός κάνουν κύκλους πάνω από νερά και δέντρα. Η λίμνη Κερκίνη είναι η υδάτινη περιοχή με τα περισσότερα κίτρινα και λευκά νούφαρα στην Ελλάδα, που δίνουν χρώμα στο γαλάζιο, όπως και τα περισσότερα βουβάλια που περπατούν νωχελικά δίπλα απ’ τις αντανακλάσεις της.