Τρεις μεγάλες αίθουσες και μία μεγάλη αυλή, η οποία λειτουργεί ως υπαίθριος εκθεσιακός χώρος γλυπτών, αποτελούν το χώρο προβολής των πολύτιμων εκθεμάτων του Μουσείου της Βέροιας. Στην αυλή του Μουσείου βρίσκεται ένα σημαντικότατο εύρημα, η κολοσσιαία κεφαλή της Μέδουσας (2ος π. Χ. αιώνας), που ενδεχομένως υπήρχε εντοιχισμένη στα βόρεια τείχη της πόλης για να αποθαρρύνει πιθανούς εχθρούς. Στην πρώτη αίθουσα του μουσείου συναντά κανείς εκθέματα προερχόμενα από ταφικά ευρήματα που αποκαλύφθηκαν στα κλασικά και ελληνικά νεκροταφεία της Βέροιας. Επιπλέον, στις πέντε προθήκες του μουσείου γίνεται παρουσίαση της εξελικτικής πορείας της κεραμικής και της κοροπλαστικής, τεχνών που αναπτύχθηκαν ευρέως στην περιοχή, από τα τέλη του 5ου έως τα τέλη του 2ου π. Χ. αιώνα. Λόγω της ιδιαίτερης σπουδαιότητάς τους, εκτίθενται σε μεμονωμένες προθήκες τρία τεφροδόχα αγγεία του 4ου π. Χ. αιώνα, ενώ υπέροχα δείγματα των τοπικών εργαστηρίων αποτελούν οι διακοσμημένες πυξίδες, αλλά και τα ειδώλια της θεάς Αφροδίτης, που βρέθηκαν σε δύο θαλαμωτούς τάφους γυναικών. Τέλος, στο κέντρο της αίθουσας εκτίθεται ομοίωμα οικογενειακού τάφου ελληνιστικής περιόδου. Στην τελευταία αίθουσα του μουσείου, ο επισκέπτης θα μείνει έκθαμβος από τα γλυπτά αριστουργήματα της ρωμαϊκής εποχής. Επιτύμβιες στήλες με ανάγλυφο διάκοσμο, τραπεζοφόρα αντικείμενα, εικονιστικές κεφαλές. Ο αυτοκράτορας Κλαύδιος εικάζεται ότι απεικονίζεται σε ένα εξαίρετο μαρμάρινο κεφάλι, ενώ ο θεός Όλγανος, αδελφός της Βέροιας και της Μίεζας, θεωρείται ότι είναι αυτός που απεικονίζεται σε μια θαυμάσια ενεπίγραφη προτομή.