Οι Άγιοι Απόστολοι ήταν κεντρική εκκλησία μοναστηριού, αφιερωμένη στην Παναγία. Κτίστηκε στα 1310-1314 από τον πατριάρχη της Κωνσταντινούπολης Νίφωνα Α΄. Στην εκκλησία σώζονται εξαιρετικές ψηφιδωτές παραστάσεις, ενώ ο χρυσός κάμπος των ψηφιδωτών αφαιρέθηκε από τους Τούρκους, όταν η εκκλησία μετατράπηκε σε τζαμί (1520-1530). Τα ψηφιδωτά, θεωρούνται αριστουργήματα της βυζαντινής τέχνης και έχουν θέματα από το Δωδεκάορτο (Γέννηση, Βάπτιση, Σταύρωση, Ανάσταση κλπ.). Στον εσωνάρθηκα του ναού σώθηκαν αποσπασματικές τοιχογραφίες που χρονολογούνται στη δεύτερη δεκαετία του 14ου αιώνα.