Η νοτιοανατολική ακρόπολη του κάστρου, του Ιτς Καλέ, είναι μεγαλύτερη και εδώ βρίσκονταν στη βυζαντινή περίοδο το κέντρο της πόλης, ο μητροπολιτικός ναός των Ταξιαρχών, ο ναός του Παντοκράτορα και οι κατοικίες των αρχόντων των Ιωαννίνων. Στο χώρο αυτό χτίστηκε αργότερα το περιβόητο Σεράι του Αλή Πασά και το Φετιχιέ τζαμί (τζαμί της Κατάκτησης). Αξιοθέατα μνημεία του Ιτς Καλέ είναι τα ερείπια του Σεραγιού του Αλή Πασά, όπου χτίστηκε το Βυζαντινό Μουσείο, ο τάφος του Αλή Πασά, το Φετιχιέ τζαμί, το «Θησαυροφυλάκιο», που φιλοξενεί μια μόνιμη έκθεση αργυροτεχνίας, τα Μαγειρεία και μικρή Πυριτιδαποθήκη.